- 微生物
- DNA
- 转录与调控
- 单细胞空间组
- 蛋白与代谢
- 常规测序
产品简介
微生物多样性测序（扩增子测序）借助二代 / 三代测序平台，对 16S rDNA/18S rDNA/ITS/ 功能基因等特定区段的 PCR 产物高通量测序，突破传统方法中微生物不可培养的局限，可获取土壤、水体等环境及人体、动物等样本的微生物群落结构、进化关系及与宿主的相关性等信息。
三代微生物多样性测序基于 PacBio 平台，通过单分子实时测序（SMRT Cell）技术对 marker 基因全长进行测序，生成高精度的 HiFi 序列。对 HiFi 序列进行 CCS 环形一致性校正与优化过滤后，可选择 OTU 聚类或 ASV 去噪算法构建分类单元，结合物种注释与丰度分析解析群落组成；进一步通过 α/β 多样性指数评估菌群复杂度，利用 LEfSe 等算法挖掘组间差异微生物，系统揭示微生物群落的结构特征与环境适应机制。
产品优势
- 优势1
- 测序区域更全
- 全长区域测序，序列信息覆盖全，轻松覆盖所有可变区；
- 优势2
- 测序质量更好
- 升级为HiFi测序模式，单一Reads准确性可达99%；
- 优势3
- 分辨率高
- 能达到“种”水平物种鉴定，获得更精细微生物群落结构；
技术流程
云分析示例
Alpha多样性指数组间差异检验箱线图
应用领域
解决的科学问题
解析微生物群落组成结构、预测群落表型特征，在环境领域可用于剖析“哪些菌群占优势及土壤质量优劣”，医学领域则能阐释“何为正常菌群及肠道健康状态”。探究微生物与环境、微生物与人体间的互作共生机制。
样本要求
案例分析
微生物代谢物通过调节泛癌患者的T细胞干细胞性提高免疫治疗效果
- 英文标题：Microbial metabolite enhances immunotherapy efficacy by modulating T cell stemness in pan-cancer 期刊：Cell IF：45.5 发表时间：2024 项目：16S全长微生物多样性+宏基因组+单菌基因组+代谢组+单细胞转录组 疾病类型：泛癌 单位：浙江大学医学院附属第二医院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院 DOI：10.1016/j.cell.2024.02.022
主要结果：癌症中的免疫检查点阻断（ICB）反应与肠道微生物群密切相关。本篇研究，基于多组学测序技术，发现了约氏乳酸杆菌的丰度 与 ICB 反应呈正相关。通过验证发现，补充约氏乳酸杆菌相关的色氨酸衍生的代谢物吲哚丙酸 (IPA) 可增强 CD8+ T 细胞介导的抗PD-1单抗免疫疗法的疗效。最终确定约氏乳酸杆菌和生孢梭菌（Clostridium sporo- genes）合作生产 IPA ，IPA 调节 CD8+ T 细胞的干性程序，并通过增加 Tcf7 超级增强子区域的 H3K27 乙酰化 促进前体耗竭性 CD8+ T 细胞 (Tpex) 的生成。
三重转基因大豆结合根际微生物群落组装中的草甘膦驱动模式
- 英文标题：Triple-transgenic soybean in conjunction with glyphosate drive patterns in the rhizosphere microbial community assembly 期刊：Environmental Pollution 影响因子：8.9 发表时间：2023 项目：微生物16S全长多样性+ITS真菌多样性 合作单位：南京大学 DOI：10.1016/j.envpol.2023.122337
植物根系不断影响根际，根际也是具有理想功能的微生物的募集场所。转基因（GE）作物品种的开发提供了无与伦比的产量优势。然而，目前对转基因作物对根际微生物组影响的深入研究还不够。本研究使用了抗虫、抗草甘膦和抗旱的三重转基因大豆栽培品种（JD606）及其对照 ZP661 和经草甘膦处理的 JD606（JD606G）。通过 16S 和 ITS rDNA 测序，确定了它们对根际菌层、周围土壤和大块土壤中细菌和真菌群落的分类和功能的影响。主要结果：① 三重转基因大豆和草甘膦塑造了根际细菌群落；② 土壤隔室生态位对细菌和真菌群落组装有实质性影响；③ 根际效应导致有益细菌和真菌类群的富集；④ LEfSe和网络分析揭示了根际驱动的微生物募集；⑤ 真菌网络的密度相对较低，但比细菌网络更稳健。
