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- 蛋白与代谢
- 常规测序
产品简介
细菌基因组完成图，通过二代（Illumina X Plus/DNBSEQ-T7）+三代(Pacbio Hifi/Nanopore)测序策略，获得完整的全基因组序列，包括染色体和可能存在的质粒。能够在结构基因组学、比较基因组学层面通过同源基因分析、泛基因组分析、基因的水平转移分析等技术手段实现细菌的耐药性、毒力系统、代谢系统、环境适应性、进化与演变历程等精细化研究
产品优势
- 优势1
- 桑格信息样本抽提成功率高
- 强大的核酸制备能力，样本处理经验丰富，实验成功率高
- 优势2
- Pacbio sequel Ⅱe和Nanopore双测序平台，提供高质量的完整基因组
- 提供双平台测序方案，高深度测序，保障基因组组装的完整性和可靠性
- 优势3
- 细菌基因组云流程交付，分析内容完备，随时随地做交互分析
- 10大分析模块，40+项分析内容，全面解析基因组的结构、基因组基础元件、移动元件等信息
- 优势4
- 结合比较基因组云流程和云工具，造福广大细菌基因组科研人员
- 借助比较基因组和云工具，发现基因组间的规律，寻找异同，解析进化，筛选候选功能相关基因
- 优势5
- 17种功能数据库注释，深入挖掘功能信息，多角度解释科学问题
- 6大通用数据库，11项专用数据库，可在致病性、耐药性、代谢通路或代谢途径等多角度进行功能基因的深入挖掘
技术流程
结果展示
全面展示基因组的特征，包括正、反义链上的基因分布情况、GC含量、基因组岛等
结果展示
应用领域
病原细菌组学研究方案
环境与工业细菌组学研究方案
样本要求
注：详细取样指导，请联系我司技术
案例分析
浮选尾矿附近污染土壤中分离的Phytobacter sp. X4的锑氧化和全基因组测序
- Antimony oxidation and whole genome sequencing of Phytobacter sp. X4 isolated from contaminated soil near a flotation site 期刊：Journal of Hazardous Materials IF：13.6 发表时间：2022 DOI： 10.1016/j.jhazmat.2022.130462
研究结果
研究能耐受高浓度锑，并能在厌氧条件下以硝酸盐为电子受体氧化Sb(III)的Phytobacter sp.X4。全基因组测序结果显示，X4菌株的基因组由一条完整的环状染色体和两个质粒组成。此外，X4基因组中具有较多的重金属抗性基因，在恶劣生存环境中具有较强的适应优势。研究还分析了在X4基因组中鉴定出抗锑关键功能基因arsB、arsC和arsH的起源和演化，它们可能是从其他肠杆菌科细菌中水平转移过来的。研究推测iscR和arsH可能对Sb(III)的氧化有重要贡献。因此，Phytobacter sp.X4具有良好的修复高锑污染场地的能力，可以应用于厌氧环境。
基于全基因组和分泌蛋白组分析纤维素降解菌黏质沙雷氏菌LY1对竹子生物质的高效糖化
- Efficient saccharification of bamboo biomass by secretome protein of the cellulolytic bacterium Serratia marcescens LY1 based on whole-genome and secretome analysis 期刊：Renewable Energy IF：8.7 发表时间：2022 DOI：10.1016/j.renene.2022.04.146
研究结果
利用微生物降解方法对木质纤维素进行生物修复已经得到了广泛的关注。研究从长足大竹象肠道中分离到纤维素降解细菌黏质沙雷氏菌LY1，基因组测序表明LY1的全基因组序列包含一条5.17M的环状染色体和一条0.14M的环状质粒以及5073个基因。在CAZyme家族中共注释了130个基因，广泛分布于碳水化合物代谢相关途径中。分泌组测序注释到糖苷水解酶第3家族和L-阿拉伯糖异构酶。木质纤维素降解酶活性在处理3天和4天后最高。此外，竹质生物质水解研究表明从分泌组培养第三天开始，释放还原糖的产量最高。这些结果表明，黏质沙雷氏菌LY1具有高效的竹子生物量糖化效果，在竹子生物量的转化和能量利用方面具有潜在的应用价值。
