- 微生物
- DNA
- 转录与调控
- 单细胞空间组
- 蛋白与代谢
- 常规测序
产品简介
真菌基因组精细图，通过二代（Illumina X Plus/DNBSEQ-T7）+三代(Pacbio Hifi/Nanopore)测序策略，获得基因组的序列信息，并利用生物信息分析技术进行基因预测及功能注释。研究较多的真菌主要包括模式真菌、动植物病原真菌及工业生产用真菌等，组学水平上研究热点集中在未测序物种的结构基因组学解析、代谢与调控系统解析、致病系统解析等。
产品优势
- 优势1
- Pacbio sequel Ⅱe和Nanopore双测序平台，提供高质量基因组组装结果
- 提供双平台测序方案，高深度测序，为基因组组装提供可靠保障
- 优势2
- 真菌基因组云流程交付，分析内容完备，随时随地做交互分析
- 9大分析模块，28项分析内容，全面解析基因组结构、基因组基础元件和比较基因组分析
- 优势3
- 软件、参数自定义，一键定制个性化分析结果
- 一键生成高质量期刊图表，结果呈图更美观，数据挖掘更省时
- 优势4
- 14种功能数据库注释，深入挖掘功能信息，多角度解释科学问题
- 6大通用数据库，8项专用数据库，多角度挖掘基因功能信息，实现对分子机制及表型与功能的深度探索
- 优势5
- 除便捷的真菌基因组云流程外，桑格也有上百款云工具，造福广大科研人员
- 400+款云分析工具，涵盖数据统计，可视化绘图，个性化分析等，满足您的各种组学需求
技术流程
结果展示
K-mer频率分布分析统计k-mer深度及各个深度所占的比例，以此评估基因组大小，基因组的杂合度和重复度
结果展示
应用领域
样本要求
注：详细取样指导，请联系我司技术人员
案例分析
基因组和转录组分析筛选解脂亚罗酵母中巴伦西亚橘烯转化为诺卡酮的关键基因
- Genomic and Transcriptomic analysis screening key genes for (+)-valencene biotransformation to (+)-nootkatone in Yarrowia lipolytica期刊：Microbiological Research IF：6.7 发表时间：2022 DOI：10.1016/j.micres.2022.127042
研究结果
解脂亚罗酵母（Yarrowia lipolytica）是一种非常规酵母，因其安全性而广泛应用于食品工业。研究对Y. lipolytica进行基因组和转录组测序，结果表明，Y. lipolytica基因组约为20.49 Mb，编码6,137个蛋白编码基因。转录组测序发现存在1,167个差异表达基因（DEGs），其中与细胞色素P450和脱氢酶相关的差异表达基因显著上调，可能与巴伦西亚橘烯转化为诺卡酮有关。利用RT-qPCR进一步验证10个DEGs，证实了转录组结果的可靠性。研究为探索Y. lipolytica中参与生物转化过程的相关基因，重要代谢及分子调控机制提供了依据。
日本曲霉PJ01的安全性评价和全基因组测序揭示了其在果汁加工中降解柑橘瓣的潜力
- Safety Evaluation and Whole Genome Sequencing of Aspergillus japonicas PJ01 Reveal Its Potential to Degrade Citrus Segments in Juice Processing 期刊：Foods IF：5.2 发表时间：2021 DOI：10.3390/foods10081736
研究结果
从腐烂树枝中分离出来的日本曲霉PJ01 (Aspergillus japonicas PJ01)可以产生复杂的酶来降解多糖成分。文章测定了真菌所产粗酶对柑橘瓣的降解作用，并通过动物实验对粗酶溶液的安全性进行了评价。全基因组测序结果显示，A. japonicas PJ01基因组GC含量为51.37%，大小为36,204,647 bp，编码10070个基因，分别采用GO、COG、KEGG和CAZy数据库进行基因功能注释。通路富集显示许多与碳水化合物代谢相关的基因，A. japonicas PJ01产生的粗酶中富含编码果胶酶、木聚糖酶和羧甲基纤维素酶的基因，能有效降解柑橘瓣。因此，A. japonicas PJ01产生的复合酶为实现果蔬汁生产过程中的酶促剥离方法提供了理论依据。
