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原核转录组分析流程
描述说明:原核转录组是从RNA水平研究基因表达的情况,通过细菌转录组比较分析,研究细菌在不同环境、宿主等情况下的基因表达变化,从而阐述宿主、环境对细菌的影响、细菌致病机制等。还可以深入挖掘sRNA和基因结构的信息,进一步为基因网络调控的研究提供有力支持。
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名称 描述 操作
该示例旨在通过原核链特异性转录组测序分析,研究目的菌株在不同处理条件下的基因表达量变化情况,从而阐述目的菌株在特定条件下的分子调控机制。本实验设置三种处理,每种处理三个生物学重复,共9个样本 获取
产品介绍 分析流程 更新日志
1、生信分析全面覆盖,自主分析不求人

      包含9个分析模块:项目概述、测序数据质控、序列比对分析、参考基因组注释、表达量分析、表达量差异分析、基因集分析、sRNA分析、转录本结构分析,全面覆盖原核转录组的生信分析内容。


2、样本自由分组,随意组合,展现多样化结果

      不同样本可以自由分组,比较不同分组的基因差异表达情况,满足老师所有的分组需求,只有您不想,没有您不能。


3、分析软件和参数自由选,一键完成分析

      生信分析软件和参数百花争艳,总有一款适合您。我们默认使用了经典的分析软件和参数进行分析,更多选择只为满足您更多的需求。


4、自由创建基因集,实现交互式高级分析

      通过基因集创建及分析的功能,可以助您从众多基因中挖掘与研究目的或表型相关的一些基因,获得更个性化的分析结果。


5、SCI级高质量图片展示,自定义修改

      柱形图,折线图,密度图,盒形图,小提琴图,火山图,散点图,气泡图,veen图等,各种图片可自定义修改,满足您发高分文章的需求。


6、项目管理安全省心

      项目支持共享功能,导师、学生轻松管理项目,项目交接不再愁,数据安全永不丢失。


当前版本为第一版

项目概述:样本信息、分组方案管理、基因集管理、软件列表;

测序数据质控:测序数据质控、核糖体RNA污染率评估;

序列比对分析:比对结果统计、测序饱和度分析、基因覆盖度分析;

参考基因组注释:NR注释、Swiss-Prot注释、Pfam注释、COG注释、GO注释、KEGG注释、注释汇总;

表达量分析:表达量矩阵、表达量分布、样本间Venn分析、样本间相关性分析、样本间PCA分析;

表达量差异分析: 表达量差异详情表、表达量差异统计表、表达量差异散点图、表达量差异火山图;

基因集分析:Venn图分析、聚类分析、功能注释分析(COG、GO、KEGG)、功能富集分析(GO、KEGG)、功能富集弦图(GO、KEGG)、Ipath分析;

sRNA分析:sRNA预测、sRNA注释(Rfam、sRNAMap、sRNATarBase、SIPHT)、sRNA二级结构预测、sRNA靶基因预测;

转录本结构分析:操纵子分析、转录起始和终止位点预测、UTR注释及分析、启动子序列预测、SNP/InDel分析。

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