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遗传图谱
描述说明:遗传图谱(Genetic Map)(Vision et al., 2000)是指分子标记在染色体上的相对位置与遗传距离的线性排列,其构建的理论基础是染色体的交换与重组。重组率的高低取决于交换的频率,而两个基因的交换频率取决于它们之间的物理距离,因此,重组率用来表示图距,图距单位用厘摩(centi-Morgan,cM)表示,1cM表示1%的重组率。QTL定位就是分析分子标记和数量性状的表型值之间的关系,将QTL逐一定位到连锁群的相应位置上,并估计其遗传效应。
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产品介绍 分析流程

    遗传图谱即遗传连锁图谱,是基因组研究中的一个重要组成部分,它是指基因组中基因以及专一的多态性标记之间相对位置的图谱。即通过两点测验和三点测验对统计的各种带型个体数进行连锁分析计算,建立连锁群。也可从第二个标记开始,测验与前一个标记是否协同分离。根据分离资料,用最大似然法估计不同标记位点间的重组率数值并转换成遗传距离,连锁的遗传标记间距离,一般用cM表示,1cM为同源染色体配对期望交换值1%的染色体长度。

    构建遗传图谱的遗传材料是分离群体,即作图群体。按其遗传稳定性可分为两大类:一是非固定性分离群体或暂时性群体(F2、F3、F4、BC群体、三交群体),其最主要的特点是易于在短期内构建具充足大小的作图群体。二是永久性或固定性的作图群体,DH和RIL为永久性的作图群体,它们克服了暂时性群体的不足之处,但构建这样的群体不是难度大,就是耗时长。

        遗传图谱即遗传连锁图谱,是基因组研究中的一个重要组成部分,它是指基因组中基因以及专一的多态性标记之间相对位置的图谱。即通过两点测验和三点测验对统计的各种带型个体数进行连锁分析计算,建立连锁群。也可从第二个标记开始,测验与前一个标记是否协同分离。根据分离资料,用最大似然法估计不同标记位点间的重组率数值并转换成遗传距离,连锁的遗传标记间距离,一般用cM表示,1cM为同源染色体配对期望交换值1%的染色体长度。

    构建遗传图谱的遗传材料是分离群体,即作图群体。按其遗传稳定性可分为两大类:一是非固定性分离群体或暂时性群体(F2、F3、F4、BC群体、三交群体),其最主要的特点是易于在短期内构建具充足大小的作图群体。二是永久性或固定性的作图群体,DH和RIL为永久性的作图群体,它们克服了暂时性群体的不足之处,但构建这样的群体不是难度大,就是耗时长。

    

在Illumina HiseqTM测序数据(Raw Data)下机之后,对下机数据进行质量控制,过滤其中低质量的数据,获得高质量的数据(Clean Data)。利用BWA软件(Li et al., 2009)将Clean Data比对到参考基因组序列上,获得序列的位置归属即BAM文件。利用GATK的Best Practices流程(McKenna et al., 2010)对BAM文件进行校正,并进行SNP和small InDel标记的检测。利用SnpEff软件(Cingolani P, 2012)和参考基因组的基因预测信息进行变异功能注释,得到SNP和InDel的功能注释信息。根据遗传学原理,将已经获得的分子标记根据亲本进行编码,并进行质量过滤,筛选高质量的分子标记进行连锁分析,构建遗传图谱并评估图谱的质量,同时结合图谱与性状值,利用R/qtl软件(Arends., 2010)进行QTL关联分析,找到与性状连锁的分子标记,

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