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BSA关联分析
描述说明:混池关联分析是基于NGS技术一站式简单性状定位的解决方案,通过对同一性状的极端差异材料分别进行混池测序,分析混池之间的基因型频率差异,确定与性状相关联的分子标记和功能区域,进行高质量的功能基因的挖掘。
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名称 描述 操作
来自于doi: 10.3389/fpls.2017.01634的水稻N素利用关联分析文章,通过30+30的混池测序定位N素利用效率性状,亲本测序量5G左右,子代测序量20G左右。 获取
来自于doi: 10.3389/fpls.2017.00919的大豆子叶颜色关联分析文章,通过30+30的混池测序定位大豆子叶颜色性状,亲本测序量10G左右,混池测序量50G左右。 获取
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BSA分析是将分离群体中表现出极端性状差异的个体DNA分别等量混合构建混池,利用NGS测序手段开发分子标记,通过计算混池间基因型频率的差异进行主效QTL定位的方法,可以快速高效的定位目标性状。

项目流程图:

步骤

软件列表

版本

下载链接

原始数据质控

Fastp

0.6.0

https://github.com/OpenGene/fastp

参考基因组比对

BWA

0.7.16

https://bio-bwa.sourceforge.net/

变异检测

GATK

3.8.0

https://software.broadinstitute.org/gatk/

变异功能注释

SnpEff

4.3

https://snpeff.sourceforge.net/

基因功能注释

Blast

2.6.0+

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

变异可视化

Circos

V0..69-6 

https://www.circos.ca/software/download/circos/


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