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无参变异检测云分析
描述说明:无参变异检测,即针对没有参考基因组、或参考序列组装质量较差的物种,通常采用简化基因组测序技术(单酶切,RAD;双酶切,GBS),用软件将不同样本的序列短片段(Tags)聚类对齐,找到位点间的变异、开发分子标记,可应用于遗传图谱、群体进化研究等。
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名称 描述 操作
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产品介绍 分析流程

RAD:单酶切,将基因组DNA消化打断,加Adaptor 1;超声波二次随机打断,片段筛选(3-400bp),加Adaptor 2;之后上机测序(Illumina Hiseq PE150)。
GBS:双酶切,基因组DNA消化后直接加测序接头,片段筛选(3-400bp),上机测序。
RAD/GBS酶切测序片段称为一个Tag,同一位置的Tag在多数样品中大体相似,可以聚类对齐后进行SNP的检测。




Illumina HiseqTM测序数据(Raw Data)下机之后,对下机数据进行质量控制,过滤低质量数据、得到高质量数据(Clean Data)。

ipyrad是为分析以RAD为代表的简化基因组测序数据而开发的一大类生信工具的集合,包括酶切片段聚类分析、SNP变异检测、样本群体结构划分、缺失数据过滤等诸多运算,均可一并执行;Stacks是另一款同类分析软件。


分析软件

载链接

原始数据质控

Fastp

http://github.com/OpenGene/fastp

变异检测软件一

Stacks

http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/

检测软件二

ipyrad

http://ipyrad.readthedocs.io/ethos.html





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//统计代码